根据《企业中长期外债审核登记管理办法》（国家发展和改革委员会令第56号，简称56号令）及其配套文件，以下是南京企业进行中长期外债备案时可能遇到的常见问题及解答：

1. 间接借用外债的界定

56号令规定，企业间接借用外债也受限于发改委的监管。特别是，如果企业的主要经营活动在境内，则属于间接在境外借用外债。常见问题解答中明确，主要经营活动在境内的企业应遵循实质重于形式的原则，从财务指标、经营情况等方面进行判断。例如，如果境内企业的营业收入、净利润、总资产或净资产的任一指标占发行人/借款人同期经审计合并财务报表相关数据的比例超过50%，且经营活动的主要环节在境内开展或主要场所位于境内，则应按规定进行申请。

2. 外债审核登记的监管方式

56号令明确，企业借用外债前必须办理审核登记手续，并在约定的首次提款前完成审核登记，获取《企业借用外债审核登记证明》。此外，发改委对企业借用外债实施事中事后监管，要求企业在借用每笔外债后10个工作日内报送相关信息，并在《企业借用外债审核登记证明》有效期届满后10个工作日内报送外债借用情况。

3. 申请主体的范围和资质

申请主体为中华人民共和国境内企业及其控制的境外企业或分支机构。申请企业应依法设立并合法存续、合规经营，具备健全且运行良好的组织机构，有合理的外债资金需求，用途符合规定，资信情况良好，具有偿债能力和健全的外债风险防控机制。同时，企业及其控股股东、实际控制人近三年内不得有贪污、贿赂、侵占财产、挪用财产或破坏社会主义市场经济秩序的刑事犯罪记录。

4. 办事指南和常见问题解答的更新

办事指南和常见问题解答的大部分内容与2044号文配套的办事指南和常见问题解答的内容保持一致，但根据56号令的相关内容进行了更新和完善。