境外投资备案的办理时间和负责部门因地区、投资项目具体情况等因素而有所不同。一般来说：

办理时间：

商务部门：通常承诺办结时限为 3 个工作日左右，但不同地区可能存在差异。例如安徽省商务厅办理对外投资设立境外企业备案的承诺时限为 3 个工作日。

发改部门：法定办结时限一般较长，可能在 20 个工作日左右，但各地在实际操作中会尽量缩短办理时间。例如湖南长沙自贸片区管理委员会办理境外投资项目备案的承诺办结时限为 5 个工作日。

办理部门：企业境外投资备案主要涉及商务部门和发改部门：

商务部门：负责《企业境外投资证书》的办理。比如企业在深圳市进行境外投资，需向深圳市商务部门申请相关证书。

发改部门：对境外投资项目进行立项审批等工作。中央管理企业投资的项目和企业投资 3 亿美元及以上项目报国务院投资主管部门备案；其他企业投资的项目由地方政府按照有关法规办理核准或备案。

完成商务部门和发改部门的备案后，企业还需要到外汇管理局（企业的开户银行）进行外汇登记。