温州公司在进行中长期外债备案申请时需要准备的资料主要包括：

企业基本情况、存续外债及合规情况：需要提供企业的基本信息，包括存续外债的情况和合规性状态。

借用外债必要性、可行性、经济性和财务可持续性分析：需要分析企业借用外债的必要性、可行性以及经济和财务的可持续性。

借用外债方案：包括外债的币种、规模、利率、期限、债务工具类型、担保或其他增信措施、募集资金用途、资金回流情况及借用外债的工作计划。

外债本息偿付计划及风险防范措施：需要制定外债本息的偿付计划，并提出相应的风险防范措施。

企业借用外债真实性承诺函：企业需要对外债备案登记所提供资料信息的真实性、准确性和完整性做出声明和承诺。

以上资料需要由企业所属在境内的总部向国家发展改革委提交，并通过网络系统和线下（如需要）按照国家发展改革委的文本及附件提交申请报告。这些资料的准备是企业进行中长期外债备案申请的重要步骤，确保外债的合规使用和管理。