南京市企业办理外债备案登记的流程主要包括以下步骤：

准备申请材料：申请人需要按照办事指南要求准备齐全的申请材料。

网上登记：登录国家发展改革委门户网站的“政务服务”频道进行网上登记，填写申请表单并上传电子材料。

提交纸质材料：网上登记完成后，申请人需同步将纸质版材料报送至政务服务大厅。建议在债券发行或贷款提款前45个工作日提交申请材料。

材料审查：政务服务大厅收到全部申请材料后，窗口工作人员对申请材料进行形式审查，审查合格的予以接收。

材料复查和受理：承办司局对相关材料进行复查，审查合格的予以受理。

备案决定：受理后，承办司局审理申请材料内容并作出备案决定。若材料内容存在错漏，承办司局将通过网上系统向申请人发出补齐补正通知。

备案结果通知：备案结果信息通过短信形式告知，备案登记证明将通过文件交换系统送至相应的企业或机构。

报送发行信息：申请人应在每期发行/提款结束后10个工作日内，登录国家发展改革委门户网站政务服务频道报送发行信息。

以上流程是根据《国家发展改革委关于推进企业发行外债备案登记制管理改革的通知》（发改外资[2015]2044号）的有关规定制定的