南京企业在申请中长期外债备案时，需要准备以下资料：

企业法人营业执照复印件：证明企业的合法存续和合规经营。

投资项目可行性研究报告：分析项目的可行性、必要性、经济性和财务可持续性。

投资协议或合同：明确投资的具体条款和条件。

相关法律文件（如需）：涉及法律层面的文件，确保合规性。

资金来源证明：证明企业有合理的外债资金需求和用途。

Zui近三年及Zui近一期财务报告：包括发行人、担保人（如有）的财务状况。

中长期国际商业贷款的经签署的贷款协议或同等效力文件：明确贷款的具体条款。

募投项目的审批、核准或备案文件：项目的合法性和合规性证明。

企业的股权架构图：追溯至Zui终实际控制人。

内外部决议文件：依据公司章程出具的关于本次借用外债、对本次借用外债提供担保（如有）等事项的决议文件。

公司章程：明确公司的组织结构和治理机制。

企业过往外债备案登记证明文件及备案项下的额度使用情况（如有）。

信用评级报告（如有）。

准备材料：企业需明确投资目的地、项目内容、投资规模及预计收益等基本信息，并进行可行性研究，准备备案所需的相关材料。

提交备案申请：企业将准备好的材料提交至南京市商务局或相关部门，进行备案申请。申请材料提交后，商务局会进行初步审查。

审核备案：南京市商务局或相关部门将对提交的申请材料进行审核。审核内容包括投资项目的合规性、投资金额的合理性等。

备案结果通知：审核通过后，南京市商务局或相关部门将向申请企业发出备案结果通知书。如有不合规或需要补充材料的情况，将在通知书中说明。

备案公示：备案结果通知书发出后，南京市商务局或相关部门将进行备案公示。公示期一般为15个工作日，公示期内如无异议，备案结果将正式生效。

线上申请：自2020年11月1日起，企业申请中长期外债备案登记、信息报送、重大事项报告、应询反馈等均通过网络系统进行办理。

以上即为南京企业中长期外债备案的办理资料和流程的详细指南，企业应严格按照上述流程和要求进行操作，确保合规高效地完成外债备案。